В 1984 г. окончил Московский институт радиотехники, электроники и автоматики (МИРЭА), факультет «Радиотехнические системы», по специальности «Инженер-конструктор-технолог радиоэлектронной аппаратуры». Обучался в аспирантуре по специальности «Радиолокация и радионавигация».
В 1982-1993 гг. Юрий Прохоров работал в ЦНПО «Комета.
В 1993 г. перешел на работу во ФГУП «ГКНПЦ им. М.В.Хруничева». В 1995 г. назначен главным конструктором систем связи и информационных технологий, начальником отдела спутниковых систем космического центра.
В 1996 г. назначен директором подразделения «Хруничев Телеком».
В 2003 г. стал заместителем генерального директора по информационным технологиям ФГУП «ГКНПЦ им. М.В.Хруничева» - директором филиала «Хруничев Телеком».
2007 г. - директор департамента по новым системным проектам ОАО «Интеллект Телеком».
1 июля 2008 г. назначен первым заместителем генерального директора ФГУП «Космическая связь», с июня 2009 г. – генеральный директор.